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系统科学除了科学方面的意义之外 ， 也有它哲学方面的意义 。 按照以往机械论的世界观 ， 科学在试图解释一切现象时 ， 总要把它们归结为可以逐个独立考察的基本单元 。 机械论虽然正确地指出了弄清生命现象必须研究生命现象赖以发展的机械、物理、化学过程 ， 但是 ， 它那种建立在分析主义基础上的观点 ， 孤立、静止、片面 ， 不能说明复杂生命体的统一性和运动规律 。 而历史上的活力论者虽然指出了生命现象不能归结为机械、物理、化学过程 ， 但也未能对生命现象作出科学的解释 ， 而是企图用超自然的活力来弥补前者的空隙 。
【革命|要素是系统的基础，没有要素，就不可能形成系统这样一个整体】
这两种观点都只强调了生命的一部分特征 ， 因而没能为解决生命的本质问题指出正确的方向 。 系统科学的建立为理解不同运动形式间的关系、理解整体与部分的关系 ， 带来了新的契机从大的背景来看 ， 与20世纪不同 ， 现代科学的各个学科分支中 ， 不论它们的研究对象是非生命、生命有机体还是社会现象 ， 几乎同时都出现了这样的局面：复杂的现象已不再能分解为局部的事件 ， 在动态的相互作用中 ， 处于较高结构中的部分将表现出不同于它们各自孤立时的行为 。 从寻找一个普遍适用于一般系统的普遍性原理的立场来看 ， 一般系统论可以定义为：关于整体的一般科学 。
我们知道 ， 系统是由若干相互联系、相互作用的部分按照一定的结构方式构成的具有一定功能的有机整体 。 由此 ， 要素是系统的基础 ， 没有要素 ， 就不可能形成系统这样一个整体；但要素只是构成系统的一个必要条件 。 如果这些要素不以一定的结构方式组合起来 ， 那么这些要素的集合只能构成一个“堆” ， 就像一堆散沙一样 ， 这堆沙土作为沙子的各个部分的总和 。 它与沙子不同的只是量上的区别 ， 即要想形成一个系统 ， 除去要素之外 ， 这些要素必须通过相互联系和作用 ， 形成具有崭新功能的结构 。
整体性原理 ， 反映了系统的根本特性 。 自然界的物质系统 ， 无一不呈现出整体性的特点 。 对于无机系统 ， 我们以原子为例 。 我们知道 ， 原子具有分立的结构 。 组成原子的电子、质子和中子都是独立的系统 ， 具有自己的性质 ， 但原子的性质并不等于各个组成部分性质的简单总和 。 原子的性质 ， 实际上等于各个组成部分的性质再加上它们之间存在的关系 ， 这种关系通常是用场来表示的 。
对于有机系统 ， 首先它们都是由细胞组成的 ， 细胞由分子组成 ， 分子又由原子组成 。 原子、分子甚至细胞的性质 ， 都是相对简单的 ， 而生物体本身却千差万别 。 因此 ， 各种生物体性质的差别 ， 不单是由所构成的要素的差别造成的 ， 而主要是因这些要素的排列构成的方式不同而不同 。 在社会系统中 ， 一个生产组织 ， 具有其中每一个劳动者在单独劳动时所不具有的分工协作的功能 ， 而且它的劳动效率也不等于各个劳动者的总和 。
目前我们经济改革的实质 ， 主要任务就是调整人与人之间的关系 ， 而不是改造人 。 此类例子很多 ， 不一而足 。 所有这一切 ， 都表明了元素间关系的重要性 ， 表明了系统与其组成要素在质上的区别 。 当然 ， 系统和部分（即要素）的区别又是相对的 。 一个系统可称为上个系统的要素 ， 同样 ， 一个要素对下个系统来说又可称为系统 。
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